云南蒙自缺点有以下几个。

1、发展水平不高：相比其他一线或者二线城市，蒙自的发展还比较滞后，尤其是在工业、科技等领域，较为欠缺。

2、地理位置相对较偏远：蒙自位于云南省东南部，地理位置相对较偏远，交通不是很便利，尤其是与内地的联系较为有限。

3、自然环境面临威胁：蒙自所处的滇池流域生态环境受到了许多人为的破坏，造成了水土流失、生态失衡等问题，需要采取措施加以改善。

4、经济结构单一：蒙自的经济主要以农业为主，经济结构比较单一，需要进一步拓展产业，提升城市综合实力。